1990 wird aus dem Volkseigenen Betrieb EVB die Erfurter Verkehrsbetriebe AG. Die gesellschaftliche Wende eröffnet auch eine neue Ära in Erfurts Busverkehr. Jahrzehnte prägten die ungarischen Ikarus-Busse das Erfurter Stadtbild. Die letzten Fahrzeuge dieses Typs werden 1990 gekauft. Im November werden die ersten sieben Niederflur-Stadtbusse von Mercedes-Benz in den Dienst gestellt. Im Dezember folgen drei Busse Typ Setra 215 UL. Dies ist der Beginn eines neuen Erfurter Nahverkehrskonzeptes. 1992 werden die Überlandlinien in das Stadtbus-Netz integriert. Die Buslinien werden künftig auch mit Ziffern statt Buchstaben bezeichnet. Am Spielbergtor entsteht die erste niederflurgerechte Haltestelle für den Stadtbus.

Vorfahrt für den Bus in Zeiten wachsenden Kfz-Verkehrs: 1993 wird die Busschleuse am Schmidtstedter Knoten eingeführt, weitere gesonderte Busspuren am Juri-Gagarin-Ring, an der Einmündung Karl-MarxPlatz sowie in der Leipziger Straße folgen noch im selben Jahr. Die Gebietsreform verändert 1995 die Überlandlinien im ehemaligen Landkreis Erfurt. Ab 1996 tanken geeignete Busse Biodiesel. 2001 nimmt Erfurt offiziell Abschied vom legendären Ikarus-Bus, der seit 1963 das Stadtbild prägte. Der 100. Erdgasbus in Thüringen wird an die EVAG übergeben. Zwölf fahren im Linienbetrieb von 2001 bis 2015. Die Arbeiten am rechnergestützten Betriebsleitsystem werden
1998 abgeschlossen, das System sorgt auch für Beschleunigung des Busverkehrs.

2017 verfügen alle Busse über WLAN für Fahrgäste. 2018 bis 2020 werden insgesamt 23 neue Busse der Hersteller Mercedes und MAN angeschafft. 2023 bestellt die EVAG 15 neue Omnibusse beim Hersteller MAN. Neben zehn Gelenk- und zwei Solobussen mit EfficientHybrid-Antriebssystem auch erstmals drei Fahrzeuge mit
Elektroantrieb.